En una noche épica en Kioto, una estudiante de segundo año de la universidad tiene una serie de encuentros surrealistas con la vida nocturna local, sin darse cuenta de los anhelos románticos de su compañera Senpai.

Cuando un antiguo equipo rival pierde de manera humillante frente a una conocida selección de baloncesto, Kuroko se reencuentra con la Generación de los Milagros.

Luego de un ataque voraz a un centro de investigación, sus estudiantes, pilotos e investigadores contraatacan con la ayuda de artefactos misteriosos y un joven samurái.

It is a cross over between the series Lupin III and Case Closed and takes place after the television special Lupin the 3rd vs Detective Conan, additionally incorporating various elements from its predecessor in its plot. The plot follows Conan Edogawa who sets out to apprehend Arsene Lupin III, the suspect of stealing a jewel called Cherry Sapphire.

Gon y Killua enfrentan enemigos del pasado de su organización, mientras que Jed intenta hacer pública la operación clandestina de los cazadores.